Material Studio/1. 기본 step

2. 기본적인 분자 생성

아린// 2021. 7. 2. 22:26

1. 기본적인 조작법

- 아까 연필 버튼 옆 C라는 문구 확인할 수 있음

- 그것은 탄소를 만들겠다는 것. 그 옆에 원하는 원소 기호가 쓰여있고, 네모 모양 아이콘을 클릭하면 주기율표에서 내가 원하는 원소 클릭 가능 

- 위 사진은 탄소의 atom을 생성한 것 

 

- 탄소에 수소를 붙여 보았음

- 내가 직접 연필 아이콘을 눌러 수소를 원하는 위치에 붙여도 되지만, 상단바를 보면 H 아이콘이 있음

- 자동으로 수소의 위치를 지정해서 추가해주는 것 

 

- 정렬 버튼은 굉장히 중요함 

- 정렬 버튼으로 깔끔하게 정렬하지 않으면 나중에 여러 물질들을 추가하거나 각도를 계산하고, 애니메이션 기능을 할 때 문제가 생길 수 있음

- 1차적인 정렬 완료 

 

- Dynamic style 탭에 들어가면, 구조의 스타일을 바꿀 수 있음

- 현재까지는 line의 형태였으나, 위 사진처럼 ball-stick 형으로 바꿀 수 있음

 

 

2. 생성한 분자의 움직임 설정하기

<기본적인 마우스 + 키보드를 사용한 조작키 정리>

1. Rotation
 - 마우스 우클릭 + 드래그

2. 다중 선택
 - ctrl 또는 shift + 클릭 


3. Zoom in / out
 - 마우스 양쪽 클릭 또는 마우스 휠

4. 드래그 영역 선택 
 - 키보드 Q키 + 마우스 우클릭

5. 특정 구조 Rotation 
 - 구조 선택 후 shift + 마우스 우클릭 

6. 특정 구조 이동
 - 키보드 shift + 마우스 휠 클릭 또는 드래그 
 - alt + shift + 마우스 우클릭 드래그 



7. 전체 구조 이동
 - 마우스 휠 클릭 + 드래그 

- distant 기능을 사용하여 원하는 bond의 길이를 설정할 수 있음

- bond를 드래그하여 길이를 설정할 수도 있지만, 숫자를 입력하여 설정할 수도 있음

 

- 길이 뿐만 아니라 각도도 설정 가능

- 각도를 설정하기 위해서는 반드시 세 개의 원자를 선택해야 함 

 

- torsion 기능으로 비틀림 정도도 설정 가능 

- 이 때는 반드시 네 개의 원자를 선택해야 함

 

 

3. 생성한 분자 변화주기 (수정하기)

 

- 수소 원자 하나를 클릭하여 산소 원자로 변경할 수 있음

- 변경된 원자는 색이 변함

- 변경되었는지 정확히 확인하기 위해선, 변경했던 원자 클릭, 왼쪽 아래에 Oxygen이라는 정보 나와있음

 

- 원자뿐만 아니라 bond도 변경 가능함

- 1중, 2중, 3중으로 변경할 수 있음

- 클릭한채로 마우스 휠을 돌리면 자동으로 1 - 2 - 3으로 넘어감

 

 

4. 생성한 분자의 위치 확인하기 

- 예를 들어 벤젠 구조를 생성했다고 할 때, 이 벤젠 구조의 중심 좌표를 알고 싶을 경우가 있음

- 그럴 때, Create centroid 버튼을 누르면 중심 좌표가 나옴 

 

 

5. Atom 생성하기

- Material studio에선 유용하게 쓸 것 같은 분자들이 나열돼있는 library가 있음 

- library에서 선택하기 위해선 fragment browser 선택

- 다양한 원자들이 나와있음

- 빨간 과녁 표시는 분자구조를 계속 이어서 꺼내면 저 부분에서 결합된다는 뜻

- 위처럼 내가 직접 분자 구조를 그려서 그것을 library에 추가할 수 있음